Hay un par de temas diferentes ahí.
Pero bue, respondo:
1. Si es cara y/o difícil de conseguir, me cuesta meterle mano.
2. Depende. Un par de familys con PPU/CPU o un segaclon model 1 tienen su lugar en mi colección.
3. Un mod que me gusta es el de sacar svideo de una sega model 1 (clon o no). Porque te ofrece algo que con la salida común no tenés. Y es mejor que la salida de video compuesto. Suma más si le sacás sonido stereo.
Para mí ahí estás mejorando la calidad de audio y video de la consola.
Un mod un poco más polémico es el del disco externo de la dreamcast. Por un lado tenés la posibilidad de tener los juegos en un disco. Pero por otro te tiene que funcionar el lente y es muy difícil que quede estéticamente agradable.
Hay cosas que sí considero innecesarias. Me acuerdo que hace años un pibe se registró al foro para mostrar sus consolas "moddeadas", que en realidad estaban barnizadas. Le dieron con un caño al punto que se calentó y borró todo

O cuando arman arcades y los llenan de botones.