Probaste formatearla con el balenaEtcher o una app similar?
Con linux te deberían aparecer 2 particiones si mal no recuerdo, con Windows una sola, donde podés modificar un archivo de configuración.
Para ver si se puede modificar, la otra es que te conectes de forma remota. Con ssh seguro, no recuerdo si con ftp tenías algo con retropie.
Y, si querés mandarle roms, podés enchufar un pendrive primero en la rasp, ahí te arma las carpetas con la estructura de cada sistema, y después desde una compu le mandás los roms al pen. Cuando conectes el pen devuelta a la raspberry, como que sincroniza todo y te copia lo nuevo.