Bueno gente vamos 4 paginas de thread y todavia sin "evidencia" del trabajo asi que voy a dejar algunas fotitos para ilustrar
Primera imagen de NTSC cambiando PPU y CPU (Antes de cambiar el XTAL)
El señor ooXxXoo ha develado el misterio de que el XTAL es bien importante para que se puedan mostrar los colores, asi que cambie el XTAL por el correcto y ahora tengo color! Y a 60hz!
Pero he aqui el nuevo problema:
Al parecer el sistema tiene problemas para mostrar el "transparente", porque en el negro que rodea a "PRESS START" no hubieron problemas para mostrarlo.
Aqui mas evidencia del problema del transparente:
Estas 2 fotos tenian fondo "negro" originalmente, y vemos que tira rojo o naranja en vez del negro, ahora que entendi que el problema es en las zonas en donde no carga un color de la paleta, si no que no "grafica" esas zonas.
(En el kunio kun soccer hen me tiraba verde en vez de ese rojo en las partes que iba negro, asi que pienso que esta confundiendo el transparente con algun color que haya cargado de la paleta de colores actual)
Aca podemos ver que el bomberman II muestra bien el juego porque no deben haber zonas con transparencias.
En cambio el darkwing duck muestra los edificios de abajo distorsionados:
Estuve hablando con ooXxXoo y me dijo que el problema podia ser que los pines 14 15 16 y 17 de la PPU tienen que estar a tierra en NTSC, pero para cambiar eso tengo que sacar el socalo de 40 pines de nuevo, ya que las pistas estan abajo del socalo ...
Estuve leyendo MUCHOS threads de nesdev.parodius y otros foros por el estilo, y dicen que es importante que la pata 17 este a tierra y no con vcc +5v para que no hayan falencias de video, pero no lei nada relacionado con el "transparente".
Mi placa pal donde puse los nuevos PPU y CPU tiene los pines 15 y 17 a vcc +5v en vez de ground.
Redondeando, sera ese efectivamente el problema o voy a hacer un trabajo que lleva aprox 2 horas al vicio? Pregunto porque no ando con tanto tiempo y quiero dedicar el tiempo a algo que ya sea la solucion.
Dejo este link con documentacion tecnica del 2C02 que es la PPU en cuestion:
http://nesdev.parodius.com/2C02%20techn ... erence.TXT
Estamos a un 3% de completar el proyecto 
muchas gracias a los que ayudan siempre!
Por cierto, estuve documentando todo el procedimiento, asi que ni bien resolvamos esto subo la guia de como hacer el mod, con los respectivos creditos para los que participamos en este tema engorroso que no esta demasiado claro en ningun lado
